Insieme contrastante

Eredità (2023) Cita questo articolo

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I genomi catturano la storia adattativa e demografica di una specie, ma la scelta della strategia di sequenziamento e della dimensione del campione possono influenzare tali inferenze. Abbiamo confrontato l'intero genoma e gli approcci di sequenziamento a rappresentazione ridotta per studiare i segnali demografici e adattativi della popolazione della capra di montagna nordamericana (Oreamnos americanus). Abbiamo applicato l'approccio di sequenziamento del DNA associato al sito di restrizione (RADseq) a 254 individui e l'approccio di risequenziamento dell'intero genoma (WGS) a 35 individui in tutta la gamma delle specie con copertura di livello medio (9X) e a 5 individui con copertura elevata (30X). Abbiamo utilizzato ANGSD per stimare le probabilità del genotipo e stimato la dimensione effettiva della popolazione (Ne), la struttura della popolazione e modellato esplicitamente la storia demografica con δaδi e MSMC2. I set di dati erano complessivamente concordanti nel supportare una vicarianza indotta dai ghiacciai e un Ne estremamente basso nelle capre di montagna. Abbiamo valutato una serie di variabili climatiche e posizione geografica come predittori della diversità genetica utilizzando l'analisi di ridondanza. Una percentuale moderata della varianza totale (36% per WGS e 21% per i set di dati RADseq) è stata spiegata da variabili geografiche e climatiche; entrambi i set di dati supportano un grande impatto di deriva e un certo grado di adattamento locale. Le somiglianze empiriche di WGS e RADseq qui presentate suggeriscono in modo rassicurante che entrambi gli approcci recupereranno ampi segnali demografici e adattivi in ​​una popolazione; tuttavia, WGS offre diversi vantaggi rispetto a RADseq, come la deduzione di processi adattivi e il calcolo delle stime dei percorsi di omozigosi. Considerando i previsti cambiamenti indotti dal clima negli ambienti alpini e la capra di montagna geneticamente depauperata, le capacità di adattamento a lungo termine di questa specie enigmatica sono discutibili.

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I dati grezzi della sequenza del DNA sono stati depositati nella SRA con i numeri di accesso PRJNA510081, PRJNA909333, PRJNA909334.

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